Das PSI wurde 1989 von den drei Psychoanalytikern Christoph Fischer, Manfred Steinlechner und Wolfgang Wesiack gegründet, nachdem sie bereits 1987 eine Arbeitsgemeinschaft gebildet hatten. Man sah in den bisher bestehenden Ausbildungsmöglichkeiten modernere Auffassungen zu wenig berücksichtigt. Überdies wollten die Gründer den entstehenden Einflüssen esoterischer, weniger wissenschaftlich ausgerichteter Psychotherapierichtungen entgegenwirken. 
1990 startete die erste Ausbildungsgruppe und fünf Jahre später, im Herbst 1995, erfolgte die offizielle Anerkennung als fachspezifische Ausbildungseinrichtung.
2007 wurde mit der Sigmund Freud PrivatUniversität (SFU) eine Kooperation geschlossen im Zuge der das PSI parallel zur Ausbildung in Innsbruck auch seine fachspezifische Ausbildung an der SFU Wien anbietet.